Des Suisses inventent le Netflix de la génomique

La start-up GenomSoft trouve les clés de la médecine génétique pour tous grâce à la compression des données. Récit exclusif.

Le coût du séquençage du génome complet d’un être humain est passé en quinze ans de 3 milliards à 1000 dollars. Et les 100 sont en vue. En parallèle, les généticiens ont découvert des milliers de marqueurs, des séquences génétiques présentant des différences qui signalent des maladies ou des risques de les développer. Cette association a ouvert la porte à la médecine personnalisée, soit l’idée d’ajouter un diagnostic génétique à un médicament afin de ne le prescrire qu’aux patients pour qui il sera efficace.

Cette évolution est cruciale pour l’industrie pharma. Elle y voit le moyen de ressusciter des médicaments abandonnés lors d’essais cliniques parce que dangereux pour certains profils génétiques, comme d’en découvrir de nouveaux. On parle d’un marché estimé à 232 milliards de dollars d’ici à 2025. L’agence du médicament américain a déjà approuvé plus de 200 thérapies associées à une analyse du génome et 250 sont en phase finale de développement.

Pourtant, les promesses de cette médecine personnalisée sont limitées par un obstacle à la fois technique et économique, qui bloque sa diffusion à une population élargie. Le séquençage de chaque personne produit jusqu’à deux térabytes de données (2000 GB). Séquencer les génomes de l’ensemble de la population suisse aboutit au chiffre vertigineux de 2400 pétabytes, huit fois la taille de Facebook. Pour l’ensemble de la population humaine, cela correspond à une tour de 5 millions de kilomètres de DVD empilés. A quoi s’ajoute qu’en plus de les stocker avec des coûts de l’ordre de 1000 dollars par an et par térabyte, il faut aussi faire circuler ces données.

Ce gigantesque problème est apparu sur le radar du chercheur Claudio Alberti et de son équipe il y a trois ans à l’EPFL. Là, ils participent depuis des années, dans le cadre de l’Organisation internationale des standards (ISO), au développement des technologies de compression des données qui ont donné naissance aux cinq générations de standards MPEG (du MP3 à l’ultra HD). «Le problème qui se pose aujourd’hui dans la santé est le même que celui des médias digitaux il y a vingt-cinq ans, constate-t-il. Seules les technologies standardisées de compression ont permis le stockage massif de musiques et de films et leur diffusion.» C’est 80% de ce qui circule sur le web aujourd’hui.

La compression est la clé qui a permis YouTube ou Netflix. Claudio Alberti pense avoir découvert celle équivalente de la médecine personnalisée. C’est la raison pour laquelle il vient de créer GenomSoft avec le soutien d’Alberto de Min, capital-risqueur au sein de Preon Capital, family office genevois de l’entrepreneur finlandais Jari Ovaskainen, enrichi par la revente des jeux mobiles Supercell pour plusieurs milliards d’euros à SoftBank.

GenomSoft vient d’emménager au Campus Biotech à Genève mais est loin de partir de rien. Depuis 2014, Claudio Alberti et son équipe ont choisi de suivre la même voie de standard ouvert qui avait si bien réussi à MPEG. Cela les a ramenés là où cette dernière a été construite, au cœur de la Genève internationale.

Deux ans d’avance

Dans ce cadre, un nouveau projet de standard, baptisé MPEG-G (pour génomique), a été créé par l’ISO. Il comprend des experts internationaux, avec la particularité qu’un tiers d’entre eux sont basés dans la région romande. En octobre dernier, ce comité a finalisé les normes des formats des fichiers génomiques et la compression. Ce sont les plus critiques. Elles ne devraient plus bouger significativement d’ici à la publication officielle du standard en 2019. Les fondateurs de GenomSoft se lancent maintenant pour prendre une longueur d’avance.

«Notre avantage est de connaître tous les détails d’une technologie qui comprime les données d’un facteur cinq par rapport aux meilleures», poursuit Claudio Alberti. L’entreprise vise trois segments: les fabricants de séquenceurs de nouvelle génération pour encoder (et donc compresser) les données, les hébergeurs de données génomiques stockées sous divers formats qui les compresseront pour réduire les coûts et les développeurs d’outils d’analyse pour les professionnels de santé.

Chez Preon Capital, Alberto de Min est optimiste. «Le big data médical est déjà si énorme qu’on en est réduit à transporter ces données par camion aujourd’hui. Nous introduisons une logique de streaming afin que les utilisateurs, chercheurs ou médecins exploitent ces données avant même que le fichier n’ait fini de charger.» L’explosion prévue des données médicales au-delà de la génomique dessine une cascade d’opportunités. D’IBM à Google, les géants du big data l’ont repéré et se ruent sur la santé. Certains d’entre eux, comme Microsoft, ont d’ailleurs repéré la start-up naissante et l’ont déjà contactée.

Avec GenomSoft, la Suisse romande a un candidat potentiel au rôle de Netflix du big data médical. Toutefois, les défis restent nombreux. L’entreprise de sept personnes est composée de techniciens. Elle doit trouver ses spécialistes de business et l’entrepreneur qui saura exécuter un modèle d’affaires gagnant. Elle a l’avantage du pionnier, mais la concurrence ne traînera pas. Enfin, si sa technologie enlève un obstacle géant au développement de la médecine personnalisée, il en reste d’autres comme l’intégration de l’analyse des données, leur sécurisation et leur régulation et leur conformité aux normes des différents systèmes de santé.

Reste qu’il serait dommage qu’une telle avance soit gaspillée faute de réaliser l’ampleur de cette occasion pour une économie aussi médicale que celle de la Suisse.

 

Source:
http://www.bilan.ch/techno-plus-de-redaction/suisses-inventent-netflix-de-genomique

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